Der Name Holnstein kommt aller Wahrscheinlichkeit nach von „Hohler Stein“ oder von „Höhlen Stein“. Mitten im Ort erhebt sich ein weit ausgedehnter, ca. 20 m hoher Tuffsteinfels, in dem sich eine ca. 15 m lange Höhle befindet. Diese Höhle war vermutlich schon in der Altsteinzeit vor über 10.000 Jahren bewohnt.
Die Geschichte des Ortes ist eng mit der Geschichte des Schlosses Holnstein verknüpft, das um 1100 erstmals urkundlich erwähnt wird. Als erste Schlossbesitzer sind die Truchsessen von Sulzbach bekannt. Um 1167 wird als Besitzer Gottfried Dapifer erwähnt. Das Schloss ist in Hufeisenform gebaut, wobei die beiden Flügel mit einer Bastei verbunden sind. Die Bastei und Teile des Schlosses sind auf Felsen gebaut. Wann die ersten Bauten, vermutlich als Burg, errichtet wurden und wann das Schloss im heutigen Umfang ausgebaut wurde, darüber konnte nichts ermittelt werden. Vermutlich diente das Schloss als Ritter- oder Raubritterburg, wie es solche in der Gegend mehrere gibt.
Im Mittelalter wurde das Schloss Residenz der Grafen von Holnstein bevor es 1880 von den Dillinger Franziskanerinnen erworben wurde und als Kloster und Anstalt für geistig behinderte Mädchen diente.
Im Ort gibt es einen Kindergarten, eine Schule, eine Zweigstelle der Raiffeisenbank in Neumarkt, eine Tankstelle, ein Dorfwirtshaus und ein Cafe. Arbeitsplätze halten die Schreinerei Bärtl, die Zimmerei Leidl, die Firma autronix, der Fliesenbetrieb Seemeier und die Regens-Wagner-Stiftung mit mehr als 250 Angestellten vor.